PyMol Visualização de moléculas

O que é o Pymol

O software Pymol é um software de visualização de móleculas desenvolvido por Warren Lyford DeLano, apesar de ser open-source nem todas as versões são gratuitas, pois alguns executáveis passaram a ser comercializados desde 2006 pela DeLano Scientific. Pode ser obtido em: www.pymol.org.

A confiabilidade do programa é comprovada com as várias publicações científicas em revistas como Nature e Science que o utilizaram para gerar imagens. Além das imagens o software permite o desenvolvimento de vídeos e animações.

Foi desenvolvido nas linguagens Python, por isso o prefixo Py, e em C devido as partes critícas. É também um sistema multiplataforma, ou seja, fornece suporte a Windows, Macintosh, Linux, Solaris, entre outros. 

 Uma breve explicação sobre como utilizar o Pymol

A Figura 1 abaixo exibe o software. A parte superior possui um terminal, no qual inserimos alguns comandos. No centro é o local onde será exibida a molécula, e do lado direito observamos um menu com vários comandos.

A Figura 2 apresenta a visualização da proteína 1a41.pdb.

Para a visualização dessa molécula foi utilizado o comando load no terminal superior que aparece na primeira figura, para isso foi colocado load 1a41.pdb e o arquivo estava na mesma pasta do programa. 

Os comandos mais comuns são:

LOAD: lê um arquivo de dados (pdb, pml, pse).

SAVE: salva as coordenadas em um arquivo.

SELECT: seleciona os resíduos de um objeto.

DELETE: deleta um objeto.

COLOR: define a cor de um objeto.

SHOW: exibe uma representação em particular.

HIDE : esconde uma representação.

SET: altera um parâmetro (ex:tamanho).

ORIENT: altera a  visão de um objeto para o centro.

DISTANCE: mede a distância entre dois objetos.

O menu lateral apresenta as seguintes funções:

Com essas informações é possível iniciar uma visualização. Para maiores detalhes leia um pouco mais sobre o software. Abaixo estão algumas fontes.

Fontes: 

VisualMol:  Marques,Bruno Feitosa. Visualização molecular para auxiliar o planejamento in silico de Fármacos. Trabalho de Graduação em Engenharia da Computação. Dez/2009.

Kristian Rother.  Introduction to PyMOL

Curso de Verão em Bioniformatica Estrutural UFMG. Valdete M. G. Almeida.

Pymol Tutorial. Gareth Stockwell.