Quando usar PAM e quando usar BLOSUM

O alinhamento foi e ainda é um método fundamental para a bioinformática. Com ele é possível inferir relações evolutivas e funções gênicas para sequências desconhecidas.
Para fazer um alinhamento algumas coisas devem ser levadas em conta para que o resultado faça sentido biologicamente. A técnica utilizada para isso são as matrizes de substituição ou mérito, que contém a probabilidade de um aminoácido ter se transformado em outro. As famílias de matrizes são:

PAM (Point Accepted Mutation): ela traça a distância evolutiva, assumindo que a mudança (troca) de aminoácidos ocorre independente das mudanças anteriores.
BLOSUM:  elas tem por objetivo encontrar regiões conservadas, dessa maneira o alinhamento global não é levado em conta.

Vemos que cada uma tem um objetivo, e é isso que deve ser levado em conta quando tiver que escolher uma das matrizes.