Dicas de disciplinas para um computeiro ou um biologo que quer ser bioinformata [2]

Como citado no primeiro post Dicas de disciplinas para um computeiro ou um biologo que quer ser bioinformata, segue uma dica interessante para estudo de linguagens de programação.

É o Codecademy, um ótimo site que tem como objetivo de forma gratuita o estudo de Javascript, HTML/CSS, PHP, Python, Ruby e uso de APIs (Application Programming Interfaces). Ele funciona da seguinte maneira: através de explicações e exercícios você adquire pontos e medalhas que permite avançar para os próximos objetivos de ensino.

Você também poderá participar de grupos para discussão. Antes de começar cada curso, é apresentado a quantidade de alunos matriculados, tempo total estimado de estudo, conhecimento necessário e logo abaixo quais objetivos serão estudados.

Entre e lá comece a estudar, pois além disso ele tem um contador de dias consecutivos que você permanece estudando.

Bons estudos e até a próxima.

Extra

No codecademy permite também que você compartilhe seus conhecimentos, entre no link Ensinar e desenvolva novos objetivos a serem aprendidos nas linguagens oferecidas.

Quando usar PAM e quando usar BLOSUM

O alinhamento foi e ainda é um método fundamental para a bioinformática. Com ele é possível inferir relações evolutivas e funções gênicas para sequências desconhecidas.
Para fazer um alinhamento algumas coisas devem ser levadas em conta para que o resultado faça sentido biologicamente. A técnica utilizada para isso são as matrizes de substituição ou mérito, que contém a probabilidade de um aminoácido ter se transformado em outro. As famílias de matrizes são:

PAM (Point Accepted Mutation): ela traça a distância evolutiva, assumindo que a mudança (troca) de aminoácidos ocorre independente das mudanças anteriores.
BLOSUM:  elas tem por objetivo encontrar regiões conservadas, dessa maneira o alinhamento global não é levado em conta.

Vemos que cada uma tem um objetivo, e é isso que deve ser levado em conta quando tiver que escolher uma das matrizes.

Aprendendo Bioinformática

Este site possui problemas simples para você aprender bioinformática.

http://rosalind.info/problems/as-table/

Bom trabalho!