Tudo sobre Bioinformática: bancos de dados

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segunda-feira, 31 de março de 2014

Conectando o R ao banco de dados

Bom, vamus falar sobre conectar o R a um banco de dados MySQL:

Instalação
Instale os seguintes pacotes para o R:
- DBI
- RMySQL

Script de exemplo
Segue um pequeno script para começar a trabalhar os dados:

Extra

Caso tenha algum problema na instalação do RMySQL no linux, é necessário instalar o seguinte pacote libmysqlclient-dev, com o seguinte comando:

sudo apt-get install libmysqlclient-dev

sábado, 20 de outubro de 2012

Bancos de dados biológicos

Inicia-se aqui uma sequência de breves postagens sobre Bancos de dados biológicos. Nessas postagens vamos falar um pouco sobre os bancos mais utilizados em todo o mundo. Mas antes de iniciarmos, vamos saber do que se tratam esses bancos.

Um banco de dados, seja qual for o tipo de dado que ele armazena, é uma maneira organizada de guardar informações.

A principal vantagem dos bancos biológicos é fornecer aos cientistas o máximo possível de um tipo particular de informação em um único lugar. Além disso, esses dados estão disponíveis de maneira que o uso de programas computacionais para recuperar grandes quantidades de informações é mais fácil.

O primeiro banco mostrado aqui será o Protein Data Bank (PDB)

O PDB é um banco público, ou seja que fornece sem custo dados experimentais sobre a geração da estrutura das proteínas, atribuições da estrutura, coordenações atômicas e links para outros bancos de dados.

Essa figura aqui em baixo mostra a página inicial do PDB (http://www.pdb.org/pdb/home/home.do)

O PDB permite que o usuário baixe as informações em formatos de arquivos diferentes:

FASTA Sequence
PDB File
PDB File (Header)
mmCIF File
mmCIF File (Header)
PDBML/XML File
PDBML/XML File (Header)

O formato Fasta já foi explicado aqui no blog e o outros serão explicados ao longo do tempo.

Além desses arquivos com as sequências, é possível visualizar as proteínas. O banco oferece ainda diversos outros recursos, tais como publicações, notícias e informações mensais sobre uma determinada molécula (Molécula do mês), dentre outros.

Qualquer informação pode ser obtida do próprio PDB. Ou deixe seu comentário e discutiremos a dúvida.

sábado, 27 de agosto de 2011

Mas o que é uma proteína?

Vários processos ocorrem até que uma proteína esteja pronta. Inclusive as próprias proteínas trabalham para a fabricação de novas proteínas. É o processo recursivo da vida.

Uma proteína é a combinação (com repetição) perfeita dos 20 aminoácidos. Quando os aminoácidos se ligam de maneira linear temos a Estrutura Primária da proteína, observe a figura:

Estrutura primária

Esses são os primeiros 13 aminoácidos da proteína 1a2o (código do PDB), uma Hidrolase. Observe que alguns aminoácidos estão com cores diferentes, os azuis são os Hidrofilicos e os vermelhos os Hidrofóbicos, essa informação juntamente com outras é muito importante para determinar a conformação espacial da proteína.

A estrutura secundária de uma proteína é constituída por Folhas Beta e Alfas Hélices, ou seja, a organização dos aminoácidos formam essas estruturas como exemplificado abaixo:

Estrutura secundária da proteína 1a2o

As alfa-hélice possuem o formato helicoidal, enquanto que as folhas-beta são pregueadas e estão representadas por setas na figura acima.

A forma como a proteína se arranja como um todo é chamada Estrutura Terciária. Ou seja o conjunto final. Existe ainda a Estrutura Quartenária, mas nem todas as proteínas possuem essa estrutura, ela é uma exclusividade daquelas que possuem mais de uma cadeia de polímeros. Como é o caso dessa proteína, que possui duas cadeias.