Bancos de dados biológicos

Inicia-se aqui uma sequência de breves postagens sobre Bancos de dados biológicos. Nessas postagens vamos falar um pouco sobre os bancos mais utilizados em todo o mundo. Mas antes de iniciarmos, vamos saber do que se tratam esses bancos.

Um banco de dados, seja qual for o tipo de dado que ele armazena, é uma maneira organizada de guardar informações.

A principal vantagem dos bancos biológicos é fornecer aos cientistas o máximo possível de um tipo particular de informação em um único lugar. Além disso, esses dados estão disponíveis de  maneira que o uso de programas computacionais para recuperar grandes quantidades de  informações é mais fácil.

O primeiro banco mostrado aqui será o Protein Data Bank (PDB)

O PDB é um banco público, ou seja  que fornece sem custo dados experimentais sobre a geração da estrutura das proteínas,  atribuições  da  estrutura, coordenações atômicas e  links para outros bancos de dados.

Essa figura aqui em baixo mostra a página inicial do PDB (http://www.pdb.org/pdb/home/home.do)

O PDB permite que o usuário baixe as informações em formatos de arquivos diferentes:

FASTA Sequence
PDB File
PDB File (Header)
mmCIF File
mmCIF File (Header)
PDBML/XML File
PDBML/XML File (Header)

O formato Fasta já foi explicado aqui no blog e o outros serão explicados ao longo do tempo.

Além desses arquivos com as sequências, é possível visualizar as proteínas. O banco oferece ainda diversos outros recursos, tais como publicações, notícias e informações mensais sobre uma determinada molécula (Molécula do mês), dentre outros.

Qualquer informação pode ser obtida do próprio PDB. Ou deixe seu comentário e discutiremos a dúvida.