domingo, 30 de março de 2014

Atualizando R versão 2.14.1 ou versão anterior para mais recente


Olá pessoal, como muitos são usuários do R que trabalham com bioinformática, vou passar uma dica interessante para atualizar o R versão 2.14.1 ou anterior para a versão mais recente. Este problema me ocorreu com o Ubuntu 12.04.

Configuração

Edite o arquivo sources.list com seu editor de texto de preferência como super usuário:

sudo vim /etc/apt/sources.list

adicione a seguinte linha no final do arquivo:

Para versão ubuntu 10.04

deb http://<meu.cran.mirror.favorito>/bin/linux/ubuntu lucid/

Para versão ubuntu 12.04

deb http://<meu.cran.mirror.favorito>/bin/linux/ubuntu precise/
 
Para versão ubuntu 12.10

deb http://<meu.cran.mirror.favorito>/bin/linux/ubuntu quantal/

Para versão ubuntu 13.10

deb http://<meu.cran.mirror.favorito>/bin/linux/ubuntu saucy/

Lista de mirrors do Brasil

- Center for Comp. Biol. at Universidade Estadual de Santa Cruz
http://nbcgib.uesc.br/mirrors/cran/

- Universidade Federal do Parana
http://cran-r.c3sl.ufpr.br/

- Oswaldo Cruz Foundation, Rio de Janeiro
http://cran.fiocruz.br/

- University of Sao Paulo, Sao Paulo
http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/

- University of Sao Paulo, Piracicaba
http://brieger.esalq.usp.br/CRAN/

- Para outras opções de mirrors, acesse o link completo:
http://cran.r-project.org/mirrors.html


Salve a edição do arquivo e execute os seguintes comandos:

sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base

Ao término da atualização, entre no R e execute o comando version sem parentêses. Este comando retorna as informações do R e a versão atual.

Extra

Caso você tenha algum problema relacionado a chave pública, acesse este link para entender como corrigir isso:
http://linuxlike.blogspot.com.br/2012/07/corrigindo-erro-gpg-chave-publica-nao.html

E se precisar de mais informações, entre no link abaixo:
http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README

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