Tudo sobre Bioinformática

quinta-feira, 24 de abril de 2014

Carregar tabelas de sites para utilizar no R

Olá, vou passar a dica de como carregar uma pagina web e trabalhar com tabelas contidas nelas.

Instalação
Instale os seguintes pacotes para o R:
- XML

Script de exemplo

Colocarei com o tempo mais dicas sobre como trabalhar com páginas web em R.

sexta-feira, 11 de abril de 2014

Quando usar PAM e quando usar BLOSUM

O alinhamento foi e ainda é um método fundamental para a bioinformática. Com ele é possível inferir relações evolutivas e funções gênicas para sequências desconhecidas.
Para fazer um alinhamento algumas coisas devem ser levadas em conta para que o resultado faça sentido biologicamente. A técnica utilizada para isso são as matrizes de substituição ou mérito, que contém a probabilidade de um aminoácido ter se transformado em outro. As famílias de matrizes são:

PAM (Point Accepted Mutation): ela traça a distância evolutiva, assumindo que a mudança (troca) de aminoácidos ocorre independente das mudanças anteriores.
BLOSUM: elas tem por objetivo encontrar regiões conservadas, dessa maneira o alinhamento global não é levado em conta.

Vemos que cada uma tem um objetivo, e é isso que deve ser levado em conta quando tiver que escolher uma das matrizes.

segunda-feira, 31 de março de 2014

Conectando o R ao banco de dados

Bom, vamus falar sobre conectar o R a um banco de dados MySQL:

Instalação
Instale os seguintes pacotes para o R:
- DBI
- RMySQL

Script de exemplo
Segue um pequeno script para começar a trabalhar os dados:

Extra

Caso tenha algum problema na instalação do RMySQL no linux, é necessário instalar o seguinte pacote libmysqlclient-dev, com o seguinte comando:

sudo apt-get install libmysqlclient-dev

domingo, 30 de março de 2014

Atualizando R versão 2.14.1 ou versão anterior para mais recente

Olá pessoal, como muitos são usuários do R que trabalham com bioinformática, vou passar uma dica interessante para atualizar o R versão 2.14.1 ou anterior para a versão mais recente. Este problema me ocorreu com o Ubuntu 12.04.

Configuração

Edite o arquivo sources.list com seu editor de texto de preferência como super usuário:

sudo vim /etc/apt/sources.list

adicione a seguinte linha no final do arquivo:

Para versão ubuntu 10.04

deb http://<meu.cran.mirror.favorito>/bin/linux/ubuntu lucid/

Para versão ubuntu 12.04

deb http://<meu.cran.mirror.favorito>/bin/linux/ubuntu precise/

Para versão ubuntu 12.10

deb http://<meu.cran.mirror.favorito>/bin/linux/ubuntu quantal/

Para versão ubuntu 13.10

deb http://<meu.cran.mirror.favorito>/bin/linux/ubuntu saucy/

Lista de mirrors do Brasil

- Center for Comp. Biol. at Universidade Estadual de Santa Cruz
http://nbcgib.uesc.br/mirrors/cran/

- Universidade Federal do Parana
http://cran-r.c3sl.ufpr.br/

- Oswaldo Cruz Foundation, Rio de Janeiro
http://cran.fiocruz.br/

- University of Sao Paulo, Sao Paulo
http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/

- University of Sao Paulo, Piracicaba
http://brieger.esalq.usp.br/CRAN/

- Para outras opções de mirrors, acesse o link completo:
http://cran.r-project.org/mirrors.html

Salve a edição do arquivo e execute os seguintes comandos:

sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base

Ao término da atualização, entre no R e execute o comando version sem parentêses. Este comando retorna as informações do R e a versão atual.

Extra

Caso você tenha algum problema relacionado a chave pública, acesse este link para entender como corrigir isso:
http://linuxlike.blogspot.com.br/2012/07/corrigindo-erro-gpg-chave-publica-nao.html

E se precisar de mais informações, entre no link abaixo:
http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README